KEGG API 用法有哪些

KEGG API 用法有哪些

本篇文章给大家分享的是有关KEGG API 用法有哪些，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。

info

主要用于展示每个数据库共有多少条记录的统计信息和于该数据相关的其他数据库，url 格式如下：

http://rest.kegg.jp/info/databasedatabase = kegg | pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag | ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network |variant | disease | drug | dgroup | environ

示例 : 查看pathway 数据库的基本信息

http://rest.kegg.jp/info/pathway

pathwayKEGGPathwayDatabasepathRelease85.0+/03-11,Mar18KanehisaLaboratories570,005entrieslinkeddbmodulekogenome<org>compoundglycanreactionrclassenzymenetworkdiseasedrugpubmedlist

列出数据库中所有的记录，或者列出指定条目的记录对于list 操作，共有3种不同的URL 格式

第一种，查看数据库中所有的记录

http://rest.kegg.jp/list/databasedatabase = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | organism | medicus

示例：查看所有ko的信息

http://rest.kegg.jp/list/ko

ko:K00001E1.1.1.1,adh;alcoholdehydrogenase[EC:1.1.1.1]ko:K00002AKR1A1,adh;alcoholdehydrogenase(NADP+)[EC:1.1.1.2]ko:K00003E1.1.1.3;homoserinedehydrogenase[EC:1.1.1.3]

第二种，只针对pathway和 module 数据库 ,查看特定物种的信息，格式如下

http://rest.kegg.jp/list/database/orgdatabase = pathway | module

示例：查看human对应的所有pathway 信息

http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa

path:hsa00010Glycolysis/Gluconeogenesis-Homosapiens(human)path:hsa00020Citratecycle(TCAcycle)-Homosapiens(human)path:hsa00030Pentosephosphatepathway-Homosapiens(human)

第三种，查看数据库中的某几条记录，使用数据库中的标识符进行查找，多个标识符用+ 链接，最多1个URL 中允许查找10个

http://rest.kegg.jp/list/dbentriesdbentries = Entries of the following databasedatabase = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：查看pathway 中 map00010 和 map00040 的信息

http://rest.kegg.jp/list/map00010+map00040

path:map00010Glycolysis/Gluconeogenesispath:map00040Pentoseandglucuronateinterconversionsfind

find 用于在数据库中根据关键词进行查找, 格式如下

http://rest.kegg.jp/find/database/querydatabase = pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag |ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：根据关键词 shiga和toxin 查找相关的基因

http://rest.kegg.jp/find/genes/shiga+toxin

ece:Z1464stx2A;shiga-liketoxinIIAsubunitencodedbybacteriophageBP-933Wece:Z1465stx2B;shiga-liketoxinIIBsubunitencodedbybacteriophageBP-933Wece:Z3343stx1B;shiga-liketoxin1subunitBencodedwithinprophageCP-933V

以上就是KEGG API 用法有哪些，小编相信有部分知识点可能是我们日常工作会见到或用到的。希望你能通过这篇文章学到更多知识。更多详情敬请关注29分享网行业资讯频道。